深圳研究生院吳云東院士課題組在環(huán)狀多肽的結(jié)構(gòu)預(yù)測上取得重要進展

時間：2016-05-12 19:42  作者：  來源：深圳研究生院

　　北京大學(xué)深圳研究生院吳云東院士課題組最近在J.Chem.Phys.Lett.（《物理化學(xué)通訊》）上發(fā)表了最新成果：使用殘基特異性力場進行環(huán)狀多肽的準(zhǔn)確結(jié)構(gòu)預(yù)測及構(gòu)象分析（Accurate Structure Prediction and Conformational Analysis of Cyclic Peptides with Residue-Specific Force Fields）。

　　多肽類藥物介于小分子和蛋白質(zhì)之間，同時具有兩者的一些優(yōu)勢，近年來越來越受到廣泛關(guān)注。與線性肽相比，環(huán)狀多肽有構(gòu)象相對剛性、代謝穩(wěn)定性好、易 穿過生物膜等獨特的優(yōu)勢，并且很多天然活性物質(zhì)都是環(huán)狀多肽。環(huán)狀多肽的活性依賴于其三維結(jié)構(gòu)，如果能通過序列準(zhǔn)確地（接近實驗精度）預(yù)測其結(jié)構(gòu)，就可以 為該領(lǐng)域的研究提供很大程度上的幫助。

　　該項工作使用吳云東課題組發(fā)展的RSFF2力場，可以準(zhǔn)確地預(yù)測出20個環(huán)肽中的17個，與晶體結(jié)構(gòu)的均方偏差（RMSD）小于1.1?。新方法的準(zhǔn)確度明顯高于之前的方法。另外，他們還發(fā)現(xiàn)相對于線性多肽，環(huán)狀多肽的構(gòu)象取樣與球蛋白更相似，為環(huán)狀多肽在藥物設(shè)計中作為蛋白分子的替代物提供了理論上的支持。

　　該論文第一作者為深圳研究生院化學(xué)生物學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院博士研究生耿浩，蔣帆博士為共同通訊作者。